一是处理好监督和服务的关系。一方面要敢于查处和揭露问题，实施有效监督，另一方面，要寓服务于监督之中，紧紧围绕各级党委政府的中心开展审计工作；
注意从促进深化改革、完善制度、改进管理、健全法律等方面入手，建立治理商业贿赂的长效机制；
要切实注意研究解决在治理商业贿赂过程中遇到的新情况、新问题，注重调查研究，加强宏观分析，提出合理建议，为领导决策提供依据。
二是处理好重点和全面的关系。当前，在治理商业贿赂的过程中，仍要坚持“全面审计、突出重点”的一贯方针。要抓重点领域，着力解决公益性强、与人民群众切身利益密切相关、严重破坏市场秩序的问题，包括工程建设、土地出让、产权交易、医药购销、政府采购以及资源开发和经销“六大商业贿赂”重灾区；
抓重点对象，主要抓滥用权力，搞权钱交易的国家公职人员；
抓关键环节，如工程建设的招投标、土地出让、经济责任审计中国有企业的产权转让和产品销售、银行贷款以及所有这些项目中涉及到的设备、物资采购等；
抓重点案件的配合查处等。同时，考虑到审计工作涉及方方面面，审计机关在抓重点的同时，一定要兼顾面上工作，对审计业务涉及的其他领域的商业贿赂问题，同样要认真查处，绝不手软。
三是要处理好分工与协作的关系。在治理商业贿赂工作中，审计机关既有发现线索的权威性，又有深入查处的局限性。这就要求在开展审计业务时，一方面要注意发现线索，注意延伸审计。另一方面，要加强与相关部门的合作。要建立审计与司法、纪检监察、工商等单位情况通报、线索移送、案件协查、信息共享机制。对重大疑难案件共同研究；
对涉嫌犯罪的案件，及时移送司法机关，形成治理商业贿赂的整体合力，提高查办商业贿赂案件工作的效率和效果。